Die Villa Subasio befindet sich am nördlichen Ende der Kreuzgangachse und ist zur Goldstraße hin mit einem prachtvollen Garten umgeben. Der Name leitet sich vom Monte Subasio, dem Berg über der Stadt Assisi ab.

Heute ein Naturpark, lieferte der Berg seit der Römerzeit den rosa schimmernden weißen Kalkstein, mit dem die gesamte historische Stadt Assisi gebaut wurde. Aus den Wäldern des Monte Subasio bezogen die Einwohner der Stadt auch ihr Bau-, Brenn- und Möbelholz.

Westlich der Villa Subasio liegt die Villa La Verna. Benannt wurde sie ebenfalls nach einem bedeutenden Berg des zentralen Apennins in der Toskana, auf dem Franz von Assisi sich zum Fasten in eine Felshöhle zurückzog.

1213 machte Graf Orlando di Chiusi Franziskus den La Verna zum Geschenk. Später entstand hier ein eigenes Kloster.

Nach Nordosten schließt die Villa Siena das Areal der Klostergärten ab. Charakteristisch für diese Stadtvilla ist die gewinkelte Anordnung, die nach Südwesten einen kleinen Platz ausbildet.

Berühmt für ihren Stadtplatz, die Piazza del Campo, auf der jedes Jahr das berühmte Pferderennen, der Palio, ausgetragen wird, ist die Stadt Siena das Zentrum der Toskana. Sie gilt als schönste Stadt der italienischen Gotik und beherbergt eine der ältesten Universitäten des Landes.

Gegenüber dem Portalgebäude liegt im Osten der Klostergärten die Villa Colombo. Der Name bezieht sich auf die Einsiedelei Fonte Colombo, in der Franziskus im Jahr 1223 die letzte Version der franziskanischen Ordensregel verfasste.

In die Bergeinsamkeit hatte sich Franziskus vorher schon öfter begeben, um innere Einkehr zu finden. Neben einem kleinen Kloster befindet sich noch heute eine winzige Grotte, in die sich der Ordensgründer zu Buße und Gebet zurückzog.